Nằm trong đới khí hậu nhiệt đới gió mùa của châu Á và gần với Biển Đông, Quán Toan chịu ảnh hưởng của gió mùa. Gió mùa Đông Bắc lạnh và khô (trong mùa đông) từ tháng 11 đến tháng 4 tạo ra mùa đông khô và lạnh. Gió mùa Tây mát mẻ, trong lành gây ra nhiều mưa từ tháng 5 đến tháng 10. Lượng mưa trung bình năm thay đổi từ 1600mm đến 1800mm. Bão thường xảy ra từ tháng 6 đến tháng 9.

Nhiệt độ Quán Toan cũng như Hải Phòng thay đổi không nhiều, thường cao hơn 1 độ về mùa đông và thấp hơn 1 độ về mùa hè so với Hà Nội.

Độ ẩm trung bình năm thay đổi trong khoảng 80- 85%. Độ ẩm cao nhất đạt 100% vào tháng 7,8 và 12 và thấp nhất vào tháng 9 và 1.